慈恩学院自成立以来，坚持正确的办学方向，以“学修一体化，生活丛林化”为办学方针，整合优势资源，彰显学院特色，现已形成本科、研究生无缝衔接的佛教教育体系。学院软硬件设施齐全，重视师资力量和培训，加大资金投入力度，同时将国民教育体系与佛学院教育方式相结合，注重学僧综合素质提高，并设有优秀学僧奖励机制。